Журнал «Вестник МГУ. Серия "Химия"» публикует обзорные, оригинальные исследовательские статьи и краткие сообщения. Все представляемые для публикации работы поступают на сайт журнала и в соответствии с регламентом работы в течение пяти дней распределяются главным редактором и ответственным секретарем редакционной коллегии редакторам соответствующих разделов журнала. Те, в свою очередь, в течение пяти дней направляют поступившие им работы двум рецензентам из числа ведущих российских специалистов в данной области науки.

Сроки рецензирования регламентируются 4-5 неделями, однако в тех случаях, когда, по мнению рецензентов, требуется привлечение дополнительных рецензентов из различных разделов журнала они могут увеличиваться до 7-8 недель. Все рецензии доводятся до сведения авторов. Все работы после рецензирования обсуждаются на заседании редакционной коллегии.

В тех случаях, когда представленная работа получает либо две положительные рецензии, либо две отрицательные рецензии результаты ее рецензирования обсуждаются на проходящем ежемесячно (10 раз в год) заседании редколлегии журнала, которая принимает окончательное решение о принятии работы для публикации.

В тех случаях, когда авторы работ, получивших отрицательные рецензии, считают, что отрицательные рецензии явились следствием конфликта интересов, либо каких-то процедурных нарушений, у них есть возможность обратиться к главному редактору журнала и редакционной коллегии, которая может провести дополнительное рецензирование. Такая процедура записана в регламенте работы, однако за время функционирования журнала ни разу не использовалась.

В тех случаях, когда мнения рецензентов относительно представленной работы различны, она направляется на дополнительное рецензирование по решению редколлегии журнала. При наличии замечаний работа исправляется авторами и направляется на повторный просмотр/рецензирование. Для подавляющего большинства принимаемых для публикации работ достаточной оказывается одна такая процедура, хотя в отдельных случаях она могла быть и трехкратной. При обсуждении на Редколлегии особое внимание уделяется статьям, получившим разную оценку рецензентов.